成本核算首先是各科室直接成本的归集，将各科室直接发生的成本直接计入到该科室；然后按照以下顺序进行四级分摊（其详细核算流程见图1）：

分摊方法
第一级分摊（公摊费用分摊）

    公摊费用是指在成本的归集过程中，无法直接归集计入到某个科室的费用，如清洁排污费、绿化费、保安费等。公摊费用根据实际业务属性又区分为直接成本与间接成本两部分，如某科室水电费属于直接成本，绿化费属于间接成本。公摊费用的分摊方法根据不同的成本项目确定不同的分摊方法，根据分摊参数不同。
项目内容
人力成本：退职生活费、社会保障费、合同工养老金、离退休人员成本、福利费；
煤水电费；
交通费：车辆燃料费、维修费、过路过桥费、保险费等；
房屋和设备修购基金：房屋折旧、设备折旧；
房屋修缮、零星工程；
分摊方法
人员成本：按人员数量比例分配到各核算中心。
煤水电费：大用户单独计量，其余按照房屋面积或人员数量分摊到各核算中心。
交通费：按各核算中心实际使用交通工具工作量进行分摊。
房屋和设备修购基金：房屋折旧按科室面积分配到核算中心；设备折旧按照不同折旧年限和折旧方法将设备分类后，按照各科室拥有设备占全院同类设备比重分配。
具体公式
人员成本：按人员数量比例分摊到各科室
人员成本 ＝ 科室在职人员数量× 全院应分摊的人员成本 / 全院在职人员数量
煤水电费：煤水电成本 ＝科室面积×（全院煤水电成本－科室成本）/ （全院面积－科室面积）
煤水电成本 ＝科室在职人员数量×（全院煤水电成本－科室成本）（全院在职人员数量－科室数量）
交通费：
交通工具成本 ＝各科室使用（公里数） × 全院消耗成本（金额）/全院使用（公里数）
房屋和设备修购基金：房屋修购基金＝科室面积 × 全院房屋修购基金/全院面积
设备修购基金 ＝科室拥有该类设备总额 × 全院该类设备修购基金/ 全院该类设备总额
房屋修缮、零星工程：按科室面积分摊
修缮零星工程成本 ＝ 科室面积 × 全院修缮及零星工程成本/全院面积
第二级分摊（管理成本分摊）：
将全院管理类科室成本包括直接计入管理科室成本和公摊费用分摊部分进行分摊。如院长办公室、财务处等管理类科室
分摊方法：按人员比例分摊
相关科目成本 ＝科室在职人员数量×全院管理科室相关科目成本/（全院在职人员数量－管理科室人数）
第三级分摊：（医疗辅助成本分摊）
将此类科室成本（包括直接计入医疗辅助科室成本、公摊费用分摊部分、管理成本分摊部分之和）进行分摊，分摊科室范围：挂号室、住院处、供应室等。
医辅服务职能科室、供应室、洗衣房分摊方法：使用医院制定的内部服务价格对照参数(或内部服务量)，本着谁受益谁担负的原则进行分摊（但不向管理类科室及同类别科室分摊）。
相关科目成本 ＝受益科室接受服务内部价总量（科室受益总量）× 相关科目成本总量/接受服务内部价总量（全院服务总量）
门诊医辅、住院医辅分摊方法：按照临床科室 床/工作日数量分摊。
相关科目成本＝ 科室 床/工作日总量 × 相关科目成本总量/（全院床/工作日总量）
没有工作量的医辅科室分摊按医技科室、直接医疗科室的人数向下分摊。
第四级分摊（医技科室成本分摊）：
将医疗技术类科室成本（包括直接计入医疗技术科室成本、公摊费用分摊部分、管理成本分摊部分、医疗辅助科室成本分摊部分之和）进行分摊。
1.药剂科成本分摊方法按照使用收入支出配比平衡原则
2.医疗技术检查科室、手术室分摊方法采用收入支出配比平衡原则
相关科目成本＝各相关科室获取医技收入总量× 相关医技科室相关科目成本总量/相关医技科室总收入